Laboratorium Modelowania Molekularnego

Oprogramowanie do obliczeń kwantowochemicznych obejmujące pakiety Gaussian 09 oraz QChem

Zakupiono w czerwcu 2010 r., koszt 47 051,89 zł brutto. Kontakt: dr hab. Andrzej Eilmes, e-mail: eilmes@chemia.uj.edu.pl

 

 

Oprogramowanie Gaussian 09 implementuje standardowe metody chemii kwantowej: metody półempiryczne, DFT, HF, metody post-HF (MP, CC, CI, CASSCF) umożliwiając obliczanie energii i optymalizację geometrii układów oraz badanie własności molekularnych (np. analiza populacyjna, momenty multipolowe, polaryzowalności) i spektroskopowych (drgania normalne, wzbudzone stany elektronowe, parametry NMR i EPR). W przypadku wielu metod możliwe jest uwzględnienie modelu rozpuszczalnika PCM. Zainstalowana wersja pozwala na równoległe wykorzystanie wielu rdzeni na pojedynczym węźle klastra.
QChem 3.2 jest oprogramowaniem do obliczeń kwantowochemicznych umożliwiającym wykonywanie obliczeń energii, geometrii, własności molekularnych i spektroskopowych typowymi metodami chemii kwantowej (HF, post-HF, DFT). W przypadku obliczeń MP2 możliwe jest wykorzystanie metodologii local-MP2 lub RI MP2 redukującej czas obliczeń. Unikalnymi cechami programu QChem jest implementacja metodologii spin-flip DFT oraz Equation of Motion CCSD. Obliczenia programem QChem 3.2 mogą być wykonywane równolegle z wykorzystaniem wielu węzłów klastra.

Klaster komputerowy z serwerami

Zakupiono i uruchomiono w czerwcu 2010 r., koszt 307 367,78 zł brutto. Kontakt: dr hab. Andrzej Eilmes, e-mail: eilmes@chemia.uj.edu.pl

 

W skład klastra wchodzi serwer zarządzający (pełniący równocześnie rolę serwera plików i maszyny dostępowej) oraz 76 węzłów obliczeniowych. Węzły obliczeniowe wyposażone są w 1 procesor czterordzeniowy Intel Xeon X3460 lub 2 procesory czterordzeniowe Intel Xeon E5520. Pamięć RAM dostępna na węzłach wynosi od 8 do 32 GB. Sumarycznie dostępne są 324 rdzenie i 750 GB RAM. Węzły wyposażone są w lokalne dyski o pojemności 500 GB, poprzez system NFS udostępniane jest z serwera 3.7 TB przestrzeni dyskowej.
Na serwerze zainstalowane są kompilatory gcc, gfortran oraz kompilatory PGI: C, C++, F95.
W klastrze dostępne jest m. in. oprogramowanie do obliczeń kwantowochemicznych (Gaussian 09, QChem, NWChem, Gamess, ORCA, Dalton, CPMD), dynamiki molekularnej (NAMD, Gromacs, Amber, Tinker, CPMD) oraz do wizualizacji wyników (Molden, Gabedit, VMD). Obliczenia na klastrze uruchamiane są pod kontrolą systemu kolejkowego Sun Grid Engine.